نشأت كلية الطب بجامعة الحدود الشمالية عام (1427هـ -2007 م) بعد الزيارة التاريخية لخادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود رحمه الله لمنطقة الحدود الشمالية، حيث تم خلال الزيارة تأسيس جامعة الحدود الشمالية وإنشاء عدداً من الكليات كان أحدها كلية الطب بمدينة عرعر وتعتبر أول كلية طب بمنطقة الحدود الشمالية. وقد تم قبول الدفعة الأولى وعددها 30 طالباً و30طالبة حيث تم اعتماد برنامج بكالوريوس الطب البشري من جامعة الملك عبد العزيز بجدة ليكون المنهج المعتمد في تدريس المقررات المختلفة، بحيث يتم تدريس المواد الطبية الأساسية يليه تدريس مقررات السنوات السريرية ثم سنة تدريبية تسمى سنة الامتياز. يعتمد نظام الدراسة في السنة الأولى والثانية النظام الفصلي وفي السنوات التالية من الثالثة إلى السادسة نظام الوحدات المتكاملة القصيرة (Modules) حيث يتفرغ الطالب لإتمام دراسة مقرر واحد في فترة محددة والانتهاء منه قبل بدء دراسة المقرر الذي يليه. يدرس الطلاب في مبنى العلوم بكلية المعلمين سابقاً والطالبات يدرسن في مجمع الكليات الصحية للبنات بحي المساعدية وفي عام1433هـ تم انتقال طلاب وطالبات العلوم السريرية لمبنى الشؤون السريرية لكلية الطب بجوار مستشفى الأمير عبدالعزيز بن مساعد. سعت كلية الطب لتطوير منهج الكلية وذلك بتحديث الخطة الدراسية لبرنامج بكالوريوس الطب والجراحة في عام 1437 هـ بما يتوافق مع متطلبات الاعتماد الأكاديمي واحتياجات سوق العمل. ولأهمية التبادل المعرفي والتعاون الدولي فقد قامت جامعة الحدود الشمالية بتوقيع اتفاقيات تعاون مع جامعة جورج واشنطن بالولايات المتحدة الأمريكية وجامعة روان الفرنسية لتدريب المتفوقين من طلاب وطالبات السنوات السريرية بكلية الطب خلال الإجازة الصيفية. ولله الحمد فقد تميّز خريجو وخريجات كلية الطب بالجامعة وتحقيقهم سنوياً مراكز متقدمة بين أقرانهم في كليات الطب السعودية في اختبارات الرخصة الطبية السعودية (SMLE) المعدّ من قبل الهيئة السعودية للتخصصات الصحية وكذلك حصول النسبة العظمى منهم على قبول في برامج الدراسات العليا مثل البورد السعودي والبورد العربي كما التحق بعضهم بالبورد الكندي والبورد الأمريكي.